Nếu sản phẩm của cơ sở sản xuất, kinh doanh thuộc Danh mục sản phẩm thực phẩm do bộ y tế cấp phép ATTP cấp phép thì phải tiến hành thủ tục tại Bộ y tế hoặc cơ quan được bộ ủy quyền, phân cấp: Nước uống đóng chai, nước khoáng thiên nhiên, đá thực phẩm, Thực phẩm chức năng, Các vi chất bổ sung vào thực phẩm, Phụ gia, hương liệu, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm..